Založené bolo v roku 1928. Jeho hlavné sídlo je v budove Kúpeľnej dvorany. Múzeum sa špecializuje na dejiny balneológie a je jediným svojho druhu na Slovensku. Sú tu inštalované expozície balneohistórie, minerálnych vôd Slovenska, národopisu a archeológie. Okrem tejto celoslovenskej špecializácie sa múzeum venuje aj histórii regiónu Piešťan. Okrem stálych expozícií realizuje Balneologické múzeum i rozsiahlu výstavnú a vydavateľskú činnosť. V roku 2010 bola sprístupnená nová archeologická expozícia v hlavnej budove múzea. Jeho súčasťou je aj historická expozícia vo Vile Dr. Lisku a Pamätná izba Ivana Krasku.